Sinh ra trong gia đình gồm có 7 anh em ở thành phố Buôn Mê Thuột, tỉnh Đắk Lắk, Y Eli Niê là một cầu thủ thi đấu trong đội hình trẻ của Câu lạc bộ bóng đá Đắk Lắk. Y Eli Niê giành chức vô địch tại Giải U-15 Quốc gia vào năm 2016 cùng đội U-15 của CLB Hoàng Anh Gia Lai và được bầu chọn là thủ môn xuất sắc nhất của giải đấu đó. Vào năm 2017, nhờ có màn trình diễn tốt cùng với đổi tuyển U-17 Đăk Lăk ở Giải U-17 Quốc gia, anh đã được gọi lên Đội tuyển U-18 Quốc gia. Sau đó,[khi nào?] anh cùng U19 Việt Nam tham dự Giải Vô địch Bóng đá U-19 Đông Nam Á.[2]